Indesign CS4からの仕様のようですが、既に貼られている画像のフレームに対し新たな画像を再リンクすると勝手に拡大縮小されることが起こります。

 

解決策として・・・

何も選択されていない状態でファイルメニューの配置から画像を選択→開く→Winの場合はAltキー、Macの場合はOptionキーを押しながらフレームをクリックすると拡大縮小されずに配置することができます。